Iinżynieria biomedyczna Podstawy i zastosowania Tom 10. Bioinformatyka

1. Wstęp do tomu "Bioinformatyka"2. Wybrane wspomnienia biofizyki z epoki prebioinformatycznej3. Algorytmy kompresji danych bioinformatycznych3.1. Wstęp3.2. Kompresja danych3.3. Sekwencjonowanie DNA3.4. Uliniowienie DNA3.5. Pojedynczy genom3.6. Kolekcja genomów3.7. Skompresowanie struktury danych3.8. PodsumowaniePodziękowaniaBibliografia4. Wybrane algorytmy przeszukiwania sekwencji genomowychWprowadzenie4.1. Algorytmy tekstowe4.2. Dopasowanie sekwencji4.3. Przeszukiwanie baz danych sekwencji4.4. Zastosowania4.5. PodsumowaniePodziękowaniaBibliografia5. Statystyczne metody lokalizacji genów5.1. Wstęp5.2. Mapy genetyczne i prawdopodobieństwo rekombinacji5.3. Klasyczne krzyżówki eksperymentalne5.4. Testy w pojedynczych markerach5.5. Wielokrotne testowanie5.6. Interwałowa metoda lokalizacji genów5.7. Lokalizacja genów z wykorzystaniem kryteriów wyboru modelu5.8. Inne modyfikacje BIC5.9. Inne rozszerzenia mBICBibliografia6. Metody interpretacji biologicznej zbiorów genów za pomocą adnotacji funkcjonalnych6.1. Wstęp6.2. Baza Ontologii Genowych6.3. Opis zbioru genów za pomocą listy terminów Ontologii Genowych6.4. Opis zbioru genów za pomocą kombinacji terminów Ontologii Genowych6.5. Generowanie reguł wieloatrybutowych w celu opisu6.6. Przykładowa analiza zbioru genów6.7. PodsumowaniePodziękowaniaBibliografia7. Zastosowanie sieci Petriego do modelowania i analizy złożonych systemów biologicznych7.1. Wstęp7.2. Systemy biologiczne i ich matematyczne modele7.3. Definicja sieci Petriego7.5. Analiza niezmienników7.6. Możliwości i ograniczenia sieci Petriego w kontekście modelowania systemów biologicznych7.7. Rozszerzenia sieci Petriego7.8. Przykładowe biologiczne zastosowania sieci Petriego7.9. PodsumowaniePodziękowaniaBibliografia8. Modele komórkowych szlaków sygnałowych i estymacja ich parametrów8.1. Budowa i działanie komórki8.2. Szlaki sygnałowe8.3. Dane eksperymentalne8.4. Podstawowe zależności wykorzystywane w modelowaniu8.5. Modelowanie stochastyczne versus modelowanie deterministyczne8.6. Algorytmy stochastyczne i przybliżenie deterministyczne8.7. Przykład deterministycznego modelu szlaku sygnałowego - NF-kB8.8. Estymacja parametrów modeli komórkowych szlaków sygnałowychPodziękowaniaBibliografia9. Modelowanie matematyczne jako narzędzie planowania terapii antynowotworowych9.1. Wprowadzenie9.2. Chemioterapia a cykl komórkowych9.3. Lekooporność komórek nowotworowych i walka z jej rozwojem9.4. Analiza własności asymptotycznych i wnioski z niej płynące9.5. Optymalizacja protokołów terapii9.6. Modele terapii uwzględniające dynamikę procesów wewnątrzkomórkowych9.7. PodsumowaniePodziękowaniaBibliografia10. Odkrywanie i wykrywanie transpozonów w sekwencji genomu10.1. Wprowadzenie10.2. Jak zbudowane są transpozony, typy transpozonów10.3. Podejścia algorytmiczne do wykrywania i odkrywania transpozonów10.4. Przykłady programów implementujących poszczególne podejścia10.5. Opis przypadku - szukanie transpozonów w sekwencjach genomów grzybowych10.6. PodsumowaniePodziękowaniaBibliografia11. Metody badania wydajności translacji11.1. Wprowadzenie11.2. Regulacja translacji11.3. Jak i dlaczego badać translację?11.4. Kod genetyczny a wydajność translacji11.5. Kod tRNA a wydajność translacji11.6. Czas elongacji kodonu11.7. Co wynika z czasu elongacji kodonu11.8. Inne cechy mRNA wpływające na wydajność translacji11.9. Wydajność heterologicznej ekspresji11.10. Analiza danych wielkoskalowych i systemy uczące się11.11. PodsumowanieBibliografia12. Model symulacji procesu fałdowania łańcucha polipeptydowego12.1. Wprowadzenie12.2. Wczesny pośrednik (ES)12.3. Późny pośrednik (LS)12.4. Identyfikacja miejsca wiążącego ligand12.5. PodsumowanieBibliografia13. Dokowanie białek13.1. Wprowadzenie13.2. Źródła danych13.3. Algorytmy dokujące13.4. Ocena kompleksu13.5. PodsumowanieBibliografia14. Metody analizy danych w badaniach proteomicznych wykorzystujących spektrometrię mas14.1. Wprowadzenie14.2. Spektrometria mas w badaniach proteomicznych14.3. Identyfikacja peptydów i białek14.4. Analiza ilościowa peptydów i białek14.5. PodsumowanieBibliografia15. Sieci biologiczne15.1. Wprowadzenie15.2. Nowa nauka15.3. Podstawowe pojęcia sieciowe15.4. Bioinformatyka sieci biologicznych15.5. Analiza porównawcza interaktomu H. sapiens15.6. Ewolucja siecie15.7. Bezskalowa jedność wszechświata15.8. PodsumowanieBibliografia16. Modelowanie wzrostu organizmów żywych16.1. Wprowadzenie16.2. Wzrost, jako złożone zjawisko wieloczynnikowe odlegające prawom natury16.3. Wzrost organizmów żywych z perspektywy ewolucyjnej16.4. Biochemiczne mechanizmy wzrostu16.5. Unifikacja fizycznych i biochemicznych mechanizmów wzrostu. Matematyczna reprezentacja16.6. PodsumowanieBibliografia17. Bioinformatyka w leśnictwie17.1. Lasy w Polsce17.2. Co to jest leśnictwo?17.3. Genomika i jej wykorzystanie w badaniach lasu17.4. Geomatyka w lasach i możliwości jej praktycznego wykorzystania17.5. Informatyka w badaniach hodowlanych17.6. Modele w leśnictwie17.7. Leśne bazy danych17.8. PodsumowanieBibliografia18. Słowniczek podstawowych pojęć bioinformatycznych